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En 1818, un musée d’histoire naturelle ouvre ses portes. S’appuyant sur les collections d’un scientifique Alsacien, Jean Hermann, il offre enfin aux Strasbourgeois un panorama de la diversité faunistique, botanique et minéralogique.

En 1871, l’Alsace devient allemande. Les répercussions pour le musée sont considérables : un nouvel établissement voit le jour, le Musée Zoologique.

En 1893, dans le quartier de la Neustadt, sur le Nikolaus Ring, un édifice imposant s’élève pour abriter le musée, des laboratoires et des salles d’enseignement.

Au cours du siècle, le musée a vécu une alternance de périodes calmes et mouvementées. Ses collections furent malmenées, mais aussi enrichies. Ses présentations connurent une période de renouveau.